於明朝永曆20年（西元1666年），清水岩地區有一農夫，在耕作休息欲返家時，行經清水岩下，發現靠近山岩地方發出火焰，光芒數尺，照明四週，農夫靠近目視，未發現何物，如此返家途中經該處數次發現火焰，因此奇疑不已，於是特在白天前往查看，未發現可疑物品，只見岩邊樹上掛一香火袋，上書寫釋迦牟尼佛及觀世音菩薩二佛號，此事傳遍鄉里，地方人士有感神佛神威，於是結庵供奉。
後來鳳山縣小竹下里赤崁坑人（現在高雄縣大寮鄉昭明村）張簡立居士信佛心堅，有所感應，在清道光14年（西元1834年）發起將草庵改建為莊嚴寺宇，本廟在這期間常修絹，到民國16年翻修，而後數十年缺少營繕，致使廟壁剝落，屋頂坍塌。民國53年管理人許登仕先生及地方居士黃有潭先生、陳德先生、林本先生及張簡片先生等數十人發起募捐，組織清水岩重建委員會，於民國53年中秋節動工改建，則成為堂皇華麗清靜幽美之佛寺。
本寺擁有農地二分餘，由齋友耕作，維持其生活費，又有基地四分餘，建築寺宇、廟寺、禪房、齋廳、功德堂、廚房、浴室、花圃、盥洗間、廁所、會議室、辦公廳(講堂）、招待所、接客室、客房，寺之四周遍栽桃李草木花卉。又擇適當地點蓋涼亭及開闢山路與清水岩路共二千公尺，以謀香客遊覽與休息之便，於是香客日益增多，寺廟香火因之鼎盛。